В Мадагаскаре Алекс, Марти, Глория и Мелман по-прежнему мечтают вернуться в Нью-Йорк. С помощью пингвинов они восстанавливают старый самолет, но их полет заканчивается аварийной посадкой в Африке. По удивительному стечению обстоятельств, они попадают в заповедник, где Алекс обнаруживает свою настоящую семью — прайд львов, из которого он был похищен в детстве. Эмоциональное воссоединение с родителями открывает для него новую главу жизни, о которой он и не подозревал.

Пока Алекс узнает о своем происхождении и пытается вписаться в жизнь прайда, его друзья тоже находят свое место в новом окружении. Марти присоединяется к стаду зебр и сталкивается с кризисом идентичности, Глория начинает романтические отношения с харизматичным бегемотом Мото-Мото, а Мелман неожиданно становится племенным врачом жирафов. Однако их африканская идиллия оказывается под угрозой, когда возникают непредвиденные проблемы, и друзьям предстоит вновь сплотиться, чтобы преодолеть новые испытания.

 Бельгийскому королю Леопольду нужно поправить своё финансовое положение, а потому он собирается отхватить лакомый кусок — часть Африки. Под предлогом борьбы с людоедством и работорговлей на чёрный континент по приказу монарха отправляется капитан Леон Ром со своими солдатами. В джунглях Конго он разыскивает вождя Мбонгу. Стороны заключают договор: военные приводят вождю Тарзана, а тот даёт им огромное количество алмазов.

Лорд Джон Клейтон III, который известен во всём мире как человек-обезьяна Тарзан, проживает в это время в Лондоне с любимой женой Джейн. Однажды он получает от короля Леопольда приглашение посетить Конго. Герой не собирается совершать столь длительное путешествие, но в конце концов уступает уговорам знакомого американца Вильямса. Тот предлагает ехать в Африку вместе, чтобы разоблачить факты порабощения местных жителей.
 Супруги Клейтон и американец прибывают в одну из конголезский деревушек, где их встречают весьма радушно. Но глубокой ночью солдаты во главе с Ромом сжигают деревню и убивают вождя. Не сумев схватить Тарзана, они берут его жену в заложники и увозят куда-то в джунгли. Тарзан с несколькими представителями племени пускается в погоню. На помощь бывшему сородичу приходит стая обезьян, в которой вырос герой, а также другие африканские животные.