В центре сюжета «Ученика чародея» — обычный на первый взгляд студент-физик Дэйв Статлер, который однажды случайно встречает эксцентричного Бальтазара Блейка — мага и ученика самого Мерлина. Оказывается, Дэйв — последний из потомков великого волшебника, наделённый невероятной силой. Теперь ему предстоит в кратчайшие сроки освоить магические навыки, ведь древнее зло в лице коварного Максима Хорвата угрожает не только Нью-Йорку, но и всему миру.

Погружаясь в удивительный мир магии, существующий параллельно с обыденной реальностью, Дэйв не только учится контролировать свои способности, но и пытается наладить отношения с девушкой своей мечты. Между зрелищными магическими дуэлями, оживающими статуями и летающими металлическими орлами, юноше предстоит найти в себе силы стать настоящим чародеем и сразиться за будущее человечества, даже если это означает отказ от собственных планов и желаний.

Действие происходит в пятидесятых в небольшом американском городке Нью-Зебеди. Недавно десятилетний Льюис Барнавелт пережил тяжёлую утрату — его родителей не стало. Отныне осиротевший мальчик находится под опекой своего дяди Джонатана, единственного родственника. Льюис приехал в свой новый дом, где его встретили дружелюбный весельчак, дядя Джон, и загадочная миссис Циммерман, соседка. Мужчина и женщина приняли ребёнка весьма радушно, но юный Барнавелт напуган: его настораживает и необычный дом, и его подозрительные обитатели. Джонатан и леди Флоренс словно о чём-то умалчивают. И вскоре Льюис узнал большую тайну...

Оказывается, особняк хранит угрозу: где-то в его стенах, комнатах или коридорах спрятаны волшебные часы, неумолимо тикающие. Механизм был помещён сюда злобным колдуном — Айзеком Иззардом. Тёмный маг предсказал: когда часы остановятся, произойдёт ужаснейшая катастрофа! Кроме того, Льюис понял: его дядя и миссис Флоренс тоже волшебники! Герои делают всё, чтобы отыскать часы и спасти город от беды. Теперь и новый обитатель удивительного особняка принимает участие в поисках тайника, искусно спрятанного Иззардом. Впереди у Барнавелта и его друзей множество захватывающих приключений...