В мире, оплакивающем смерть Супермена, на плечи Бэтмена ложится тяжелая ноша защитника человечества. Столкнувшись с необычным созданием — парадемоном, Брюс Уэйн понимает, что надвигается угроза вселенского масштаба. Это понимание заставляет его отправиться на поиски исключительных людей с уникальными способностями, чтобы сформировать команду, способную противостоять грядущей опасности.

Тем временем древний враг человечества Степпенвульф возвращается на Землю с единственной целью — завершить миссию, в которой он потерпел поражение тысячи лет назад. Он стремится собрать три могущественные Материнские шкатулки, разделённые между амазонками, атлантами и людьми, чтобы создать разрушительное Единство. Если ему это удастся, планета будет терраформирована, а жизнь на ней уничтожена. Перед лицом такой угрозы супергерои должны объединиться, несмотря на все различия, чтобы спасти мир, который, возможно, уже потерял свою самую яркую надежду.

Бэтмен вступает в бой, чтобы помешать Джокеру, возглавляющему всех других злодеев Готэм-сити, пытающихся взорвать бомбу. После этого злобный Клоун чувствует себя обиженным, особенно, когда Тёмный рыцарь отказывается признать его своим главным заклятым врагом или хотя бы сказать, что он его ненавидит. Как Брюс Уэйн, Бэтмен посещает вечеринку по случаю выхода на пенсию комиссара Гордона, где роль комиссара наследует его дочь Барбара, которая произносит речь. Героиня говорит, что хочет создать город, который не будет нуждаться в защите Сына ночи.

На балу Брюс также встречает сироту Дика Грейсона и, будучи отвлечённым другими вещами, невольно соглашается его усыновить. Тем временем Джокер и другие злодеи вторгаются на торжество только для того, чтобы Джокер сдался Бэтмену. Подозревая, что сдача клоуна имеет коварный мотив, герой придумывает схему: украсть проектор Фантомной зоны из Крепости Одиночества Супермена. С этой целью он нанимает Дика, который охотно принимает костюм для действий, называя себя «Робин». Не имея времени на других, Бэтмен неохотно сближается с Диком. Вместе они врываются в убежище Аркхем, где изгоняют Джокера в Призрачную Зону. Тем не менее, это уловка, посредством которой Джокер использует возможность освободить всех других злодеев, включая Волдеморта, Саурона, Кинг-Конга, Злую Колдунью Запада, Гремлинов и Далеков, чтобы повести их в массовое нападение на Готэм-сити...

Однажды мир Lego пережил разрушительное прибытие инопланетян Duplo. Предложение Эммета о кирпичном сердце ускорило нападение пришельцев, и весь город Бриксбург был разрушен. Пять лет спустя выжившие живут в руинах, которые были переименованы в Апокалипсбург. Всё мрачно, и Люси постоянно критикует Эммета за то, что он поддерживает позитивную позицию. Героиня побуждает Мастера-Строителя повзрослеть. Между тем, посланник пришельцев, генерал Мейхем, прилетает в экс-Бриксбург и приглашает лидера на свадебную церемонию на планете Systar.

Так как они не могут решить, кто является главным, генерал на своём непобедимом звездолёте захватил в плен Люси, Бэтмена, Уникитти, Бенни и Металлоборода — всех, кого он посчитал выдающимися героями. Они отправляются на планету Systar, где королева Ватева Вааби объявляет, что собирается выйти замуж за Бэтмена. Остальные увлечены музыкальной терапией и предложениями осуществить свои мечты. Тем временем Эммет превращает свой дом в космический корабль и отправляется спасать Люси. В этом путешествии он объединился с авантюристом Рексом Дангервестом, чьи суровые манеры восхищают Эммета. Он даже понимает, что хочет подражать новому другу. Рекс соглашается отвезти Эммета на планету Systar, параллельно давая ему советы о том, как стать взрослым и более серьёзным. Найдя общий язык, герои отправляются спасать Люси и остальных...

Во вселенной Лего злодей Лорд Бизнес стремится любой ценой получить важнейшую Часть Сопротивления от волшебника Витрувиуса. Эммет — обычный рабочий-строитель, который всегда рад вписаться в размеренные и спокойные планы и жить вполне мирно. Однажды вечером герой заметил на строительной площадке незнакомую молодую женщину. Он решил за ней проследить, только чтобы попасть вместе с ней в таинственную область. Когда он появляется вновь, обнаруживает часть Лего, прикреплённую к его спине.

Девушка, Уайлдстайл, понимает, что это часть Сопротивления, а Эммет — предопределённый предсказанием Особый, который придёт, чтобы всех спасти. Герой должен объединить всех Мастеров-Строителей, изгнанных Лордом Бизнесом. Однако, когда внезапные союзники отправляются в путь, Уайлдстайл разочаровывается, обнаружив, что Эммету не хватает воображения, единственного элемента, необходимого для того, чтобы стать истинным Мастером-Строителем. Вместе с бойфрендом героини, Бэтменом, Витрувиусом и другими, которых они встречают в своих приключениях в различных мирах Lego, Эммет пытается раскрыть своё воображение, прежде чем Лорд Бизнес выпустит смертоносное оружие Крэгл, способное заморозить каждого жителя вселенной...