Нью-Йорк, наши дни. В городе, где небоскрёбы смыкаются над улицами, а каждый переулок хранит чью-то тайну, судьба сводит вместе трёх героев, чьи представления о справедливости несовместимы. Человек-паук — парень, привыкший брать ответственность за чужие ошибки, — вновь оказывается в центре опасного противостояния. Он пытается остановить угрозу, но его методы вызывают подозрения у Карателя: тот привык вершить расправу жёстко, без компромиссов и сомнений. А там, где напряжение достигает предела, появляется Халк — и любое недоразумение мгновенно оборачивается разрушительной схваткой.

Герои вступают в конфликт друг с другом, и каждый видит в противнике источник бед. Паучьи сети, карающие выстрелы и сокрушительная мощь сталкиваются в вихре взаимного недоверия. Но постепенно разрозненные факты складываются в тревожную картину: их столкновение — не случайность. Кто-то намеренно стравил их, наблюдая со стороны за тем, как хаос пожирает город. Чтобы выстоять, вчерашним врагам придётся объединиться и отыскать того, кто скрывается в тени и дёргает за нити. Иначе следующий удар обрушится на них самих — и на всех, кто окажется рядом.

Эвелин Ван переехала вместе со своей семьёй в США из Китая. Тут она вместе с мужем владеет прачечной, которая почти не приносит доход. Эвелин не правильно заполнила бумаги и теперь её прачечная может вовсе не продержаться и её отберут. В это время её муж Уэймонд хочет развестись с женой, но не знает, как это лучше сделать. Отец Эвелин прибыл из Китая и совершенно не понимает местную культуру. А дочка Эвелин привела в дом другую девушку и хочет на ней жениться. Уэймонд приходит в налоговую, но тут в его тело помещается другая личность. Он приходит домой и обо всём сообщает Эвелин.

Существуют различные мультивселенные и Эвелин верит всему этому, ведь получает воспоминания от другой себя в различных мирах. Но за ними ведёт охота одна организация во главе с Джобу. Та может прыгать через вселенные, но из-за этого создаёт огромные чёрные дыры. Если она продолжит, то всё будет стёрто с лица земли. Уэймонд предполагает, что Джобу придёт за Эвелин, ведь она неудачница лишь в этой вселенной. Эвелин учится прыгать в другие вселенные и узнаёт, что её муж хочет с ней развестись и у неё есть другие варианты, она могла стать актрисой и прославиться. Эвелин встречается с Джобу и решается провести решающую схватку, получил знания от другой себя.

В 2012-м году, когда Мстителям удалось остановить нападение читаури и спасти Нью-Йорк, Локи считал, что, попав в плен, отправится в Асгард, где его судьбу будет решать Один. Но неожиданно для себя асгардский бог обмана сумел сбежать, прихватив Тессеракт. Вывалившись посреди монгольской пустыни, Локи не подозревал, что все это произошло из-за того, что в будущем Мстителям удалось найти способ путешествовать во времени, чтобы отыскать Камни Бесконечности и справиться с Таносом.
После побега у Локи было множество планов, но все они рухнули, когда из ниоткуда возник отряд воинов, которые легко смогли схватить его, переправив в какое-то странное место, где божественные силы брата Тора не действовали. Как оказалось, Локи попал в Управление временными измерениями, где должен престать перед судом. Шокированному асгардцу объяснили, что он является альтернативной версией себя самого и несет угрозу основной временной линии, которую охраняют агенты УВИ. В прошлом не раз случалось так, что из-за подобных случаев вся Вселенная оказывалась на грани гибели, однако Хранители Времени создали УВИ и теперь сотрудники этой организации хранят Священную Временную линию.

Судья Равонна Ренслейер быстро решила, что Локи подлежит стиранию. Он пытался переубедить ее, утверждая, что во всем виновны Мстители, но оказалось, что их перемещение во времени должны были произойти, а побег Локи был ошибкой, которую нужно исправить. От стирания Локи спас агент Мебиус, работавший в отделе особо опасных преступлений. Он был уверен, что Локи сможет помочь ему в работе, предотвращая страшные преступления в самых разных временных эпохах. Вот только просто так сдаваться бог обмана не собирался и при первой же возможности попытался сбежать, прихватив с собой Тессеракт, отправленный к остальным вещдокам. Однако увидев, что рядом с Тессерактом пылятся Камни Бесконечности, Локи передумал.

Он узнал, что сила всех артефактов подавляется могуществом УВИ, после чего решил принять предложение агента Мебиуса, особенно после того, как увидел, что произойдет с его родителями и им самим в будущем. Узнав, что Фригга и Один погибнут, а его убьет Танос, Локи понял, что все его планы по завоеванию вселенной бессмысленные и мелочны. Теперь ему предстоит защищать Священную Временную линию и для начала найти того, кто убивает агентов УВИ. Вот только Локи еще не подозревает, что охотиться ему придется за альтернативной версией себя самого.

Действия фильма разворачиваются после событий предыдущей части. Майлз уже успел стать повзрослевшим юношей. Именно он после смерти Питера Паркера стал Человеком-пауком. Эксперименты Кинг Пина с портальным оружием удалось предотвратить лишь с помощью других паучих супергероев. После спасения мира все они разбрелись по своим вселенным.
Однако новая угроза вновь объединит супергероев. Смогут ли они противостоять новым опасностям и в очередной раз предотвратить гибель человечества. Ставки в этой игре слишком высоки, но у счастью Мвйлз уже не тот зелёный юнец, которым был раньше. Теперь в его руках судьба многих миров.

Барри Аллен работает судебно-медицинским следователем. Всё время он проводит в своей лаборатории и посвящает всего себя только науке. Однако несчастный случай приводит к тому, что он получает сильную дозу химического вещества. Но, отравившись ядом, этот молодой ученый не умирает. Это вызывает удивление у него самого. У парня отсутствуют летальные повреждения. Наоборот Барри замечает, что изменился и получил новую способность. Теперь он может в отличие от других людей передвигаться со скоростью света. Это поражает его. Он решает изменить свою жизнь навсегда.

Аллен бросает свою лабораторию и отказывается от научной деятельности. Теперь юноша во всю применяет свою паранормальную силу. Он начинает считать себя супергероем, берёт себе новое имя. Теперь его зовут Флэш. Барри хочет использовать свой дар, чтобы устранить личную трагедию, которая случилась в его жизни много лет назад. Он отправляется в прошлое с целью предотвратить гибель собственной матери, которая трагически ушла из жизни, когда он был ещё ребёнком. Но совершая вторжение в пространственно-временной континуум, возникают разломы. В результате по неосторожности Барри попадает в альтернативную реальность.

Питер Паркер изо всех сил старается привыкнуть к своей новой жизни в мире, где каждый человек знает что он супер-герой. Долгое время паучку удавалось скрывать свою личность. Но, его последнее сражение с коварным и безжалостным Мистерио, навсегда лишило Паркера возможности спокойно гулять по улицам своего города. Во время кульминации дроны злодея передавали все, что происходит на экраны больших телевизоров. И, все увидели его искаженную картину развития событий. Теперь за Питером охотятся не только толпы обожателей, но и полиция. Поскольку, его подозревают в преднамеренном убийстве одного из защитников Земли.

Чтобы исправить это недоразумение, человек-паук обращается за помощью к тому, кто способен повелевать временем и пространством. Доктор Стрендж соглашается провести ритуал и стереть из памяти мира ту самую битву с Мистерио. Однако, из-за ошибки великого мага Вселенная раскалывается на множество параллельных миров. Из этих отражений начинают появляться, как старые друзья, так и зловещие враги, которых Паркер уже давно похоронил. Одному в этой неразберихе, паучку точно не выжить. Так что, ему срочно необходимо собирать команду, как из старых, так и из новых, неожиданных союзников.