Около 1500 инопланетян живут на Земле, скрываясь под человеческим обликом. Большинство из них обосновалось на Манхэттене и ведет спокойную жизнь. За теми, кто нарушает правила, наблюдает секретное правительственное агентство — «Люди в черном». Только его сотрудники знают правду о пришельцах и держат происходящее под контролем. Взяв новичка в напарники, опытный агент знакомит его с миром, незаметно существующим рядом с обычными людьми. Здесь инопланетяне водят такси, владеют ломбардами и магазинами, находят свое место в СМИ, политике и шоу-бизнесе.

Но знакомство с этой скрытой стороной земной жизни вскоре оборачивается опасным заданием: на планету прибывает гигантский жук, укрывшийся под человеческой кожей. Чужак намерен завладеть миниатюрной «галактикой» и спровоцировать катастрофу. Теперь напарникам нужно не только остановить его, но и сохранить все в тайне: человечество не должно заметить ни пришельца, ни угрозы, которую он принес.